La clausola compromissoria configura una forma di deroga convenzionale alla competenza del giudice statale e si atteggia come eccezione di incompetenza ratione materiae o ratione valoris, soggetta ai termini perentori di cui all'art. 38 cod. proc. civ.
Nel giudizio di opposizione a decreto ingiuntivo, l'opponente deve sollevare l'eccezione di incompetenza fondata sulla clausola compromissoria nel primo atto difensivo utile, costituito dall'atto di citazione ai sensi dell'art. 645 co. 1 cod. proc. civ., a pena di consolidamento della competenza in capo al giudice adìto.
La competenza arbitrale, fondandosi esclusivamente sulla volontà delle parti, non è assimilabile alla competenza funzionale e non è pertanto rilevabile d'ufficio dal giudice ai sensi dell'art. 38 co. 3 cod. proc. civ., potendo le parti escluderla proponendo un giudizio ordinario ovvero non sollevando l'eccezione di arbitrato.