La clause compromissoire constitue une forme de dérogation conventionnelle à la compétence du juge étatique et se configure comme une exception d'incompétence ratione materiae ou ratione valoris, soumise aux délais péremptoires de l'article 38 du code de procédure civile.
Dans l'instance d'opposition à l'injonction de payer, l'opposant doit soulever l'exception d'incompétence fondée sur la clause compromissoire par le premier acte de défense utile, constitué par l'assignation au sens de l'article 645, alinéa 1, du code de procédure civile, à peine de consolidation de la compétence au profit du juge saisi.
La compétence arbitrale, reposant uniquement sur la volonté des parties, n'est pas assimilable à la compétence fonctionnelle et n'est par conséquent pas relevable d'office par le juge au titre de l'article 38, alinéa 3, du code de procédure civile, les parties pouvant l'exclure en introduisant une instance ordinaire ou en ne soulevant pas l'exception d'arbitrage.