La presenza di una clausola compromissoria non impedisce di richiedere e ottenere dal giudice ordinario un decreto ingiuntivo per il credito scaturente dal contratto, ferma restando la facoltà per l'intimato di eccepire la competenza arbitrale in sede di opposizione, con conseguente necessità per il giudice di revocare il decreto ingiuntivo e rinviare le parti dinanzi all'arbitro.
La clausola compromissoria non può operare quando il debitore eccepisce il pagamento o altri fatti estintivi del credito, poiché il pagamento realizza in pieno l'interesse tutelato dalla clausola medesima e non è ammissibile che la clausola operi al di là dell'interesse per la cui tutela è stata istituita.
Sono opponibili in presenza di clausola compromissoria tutte le eccezioni con cui il debitore può dare prova dell'avvenuta estinzione del credito, quali pagamento, novazione, remissione, compensazione, confusione, impossibilità sopravvenuta, prescrizione, giudicato, transazione e ogni eccezione che prospetti un preciso fatto estintivo del credito.
Una deroga prevista nella clausola compromissoria di portata eccessivamente generale, potenzialmente inclusiva di ogni eventuale petitum e causa petendi derivante dal contratto, escluderebbe completamente la facoltà di avvalersene per la parte interessata, rendendo la clausola stessa inoperante e tamquam non esset.
La clausola compromissoria non può essere utilizzata per paralizzare eccezioni che mettono in discussione il fatto costitutivo del credito né per impedire eccezioni che prospettino un preciso fatto estintivo del credito, indipendente dall'azione del sinallagma funzionale.