La clausola compromissoria costituisce un negozio ad effetti processuali autonomo rispetto al contratto in cui è inserita, sicché la sua validità deve essere valutata in modo indipendente ai sensi dell'art. 808, co. 2, cod. proc. civ.; ne consegue che la nullità o la risoluzione del contratto principale non travolge, per trascinamento, la clausola compromissoria in esso contenuta, restando rimesso agli arbitri l'accertamento della dedotta invalidità del negozio sostanziale.
La clausola compromissoria presenta il duplice carattere dell'autonomia e dell'accessorietà: è negozio strutturalmente distinto da quello da cui scaturisce il rapporto sostanziale tra le parti, ma è al contempo accessorio ad esso e strumentale all'attuazione del regolamento di interessi concepito dai contraenti, giustificandosi tale connotazione nella oggettiva convergenza di interessi delle parti nel devolvere agli arbitri le controversie relative ad uno specifico rapporto sostanziale.
In presenza di una clausola compromissoria, la richiesta e l'ottenimento di un decreto ingiuntivo da parte del giudice ordinario per il credito scaturente dal contratto non sono preclusi, ferma restando la facoltà per l'intimato di eccepire la competenza arbitrale in sede di opposizione, con conseguente obbligo per il giudice dell'opposizione di revocare il decreto ingiuntivo e rimettere le parti dinanzi agli arbitri.