La présence d'une clause compromissoire n'empêche pas de demander et d'obtenir du juge ordinaire un décret d'injonction pour la créance découlant du contrat, étant sauve la faculté pour l'intimé d'exciper la compétence arbitrale en siège d'opposition, avec pour conséquence la nécessité pour le juge de révoquer le décret d'injonction et de renvoyer les parties devant l'arbitre.
La clause compromissoire ne peut opérer lorsque le débiteur excipe le paiement ou d'autres faits extinctifs de la créance, car le paiement réalise pleinement l'intérêt protégé par la clause elle-même et il n'est pas admissible que la clause opère au-delà de l'intérêt pour la protection duquel elle a été instituée.
Sont opposables en présence de clause compromissoire toutes les exceptions par lesquelles le débiteur peut prouver l'extinction de la créance, telles que paiement, novation, remise, compensation, confusion, impossibilité survenue, prescription, chose jugée, transaction et toute exception qui présente un fait extinctif précis de la créance.
Une dérogation prévue dans la clause compromissoire de portée excessivement générale, potentiellement inclusive de tout petitum et causa petendi découlant du contrat, exclurait complètement la faculté de s'en prévaloir pour la partie intéressée, rendant la clause elle-même inopérante et tamquam non esset.
La clause compromissoire ne peut être utilisée pour paralyser les exceptions qui mettent en discussion le fait constitutif de la créance ni pour empêcher les exceptions qui présentent un fait extinctif précis de la créance, indépendant de l'action du synallagme fonctionnel.